Родоначальником русских портов по праву считается Архангельск, основанный в 1584 году. Поморские мастера в совершенстве овладели искусством возведения капитальных гидротехнических сооружений и успешно применяли его при освоении Петром I побережья Азовского моря (порты Ростов-на-Дону, Таганрог, Темрюк) и строительстве набережных и причалов Санкт-Петербурга.
В начале 18 века русские землепроходцы выходят на берега Тихого океана и в 1713 году закладывают порт Охотск. С этого же периода начинается история крупнейших портов России - Санкт-Петербурга, Одессы, Таганрога, Астрахани. На западе закладывается порт Палдиски (до 1964 г.- Пиллау), а на юге порт Азов. В 1789 году князь Потемкин-Таврический приказал в месте слияния рек Ингул и Южный Буг заложить верфь, порт и город Херсон. Темпы строительства верфи были настолько высокими, что уже на следующий год на воду был спущен первый корабль - 44-х пушечный фрегат "Святой Николай".
С 1797 года основным портом России на Дальнем Востоке становится Петропавловск-Камчатский, расположенный в удобной и просторной Авачинской бухте. Начиная с этого периода в регионе активно работает Российско-Американская судоходная компания, просуществовавшая вплоть до продажи Аляски. С 1804 по 1840 годы эта компания снарядила на свои средства 25 экспедиций, в том числе 15 - кругосветных.
Со второй половины XIX века на юге России интенсивно развиваются порты Махачкала и Красноводск, Керчь, Ялта. Феодосия и Севастополь, Бердянск, Геническ, Темрюк и Мариуполь, Новороссийск, Туапсе и Поти. В это же время главными портами в Приморском крае становятся Николаевск (Николаевск-на-Амуре), а затем Владивосток, расположенный в бухте Золотой Рог. Новый порт на востоке России внес значительный вклад в строительство Транссибирской железнодорожной магистрали. В отдельные годы в порт Владивосток прибывало более 20 тысяч переселенцев, а участок Транссиба до Хабаровска был построен в обратном направлении - рельсы, шпалы, металлоконструкции, вагоны и паровозы доставлялись из Одессы морскими судами.
В 1883 году правительством России была принята программа развития портов с общим объемом финансирования 35-40 млн. рублей. Программа предусматривала строительство и реконструкцию портов для приема судов осадкой до 7 метров. Выполнению следующей программы, принятой в 1912 году и рассчитанной на объём финансирования 90 млн. рублей помешала первая мировая война.
В первые десятилетия Советской власти интенсивно развиваются северные и северо-восточные порты: Диксон, Дудинка, Игарка, Кандалакша, Нарьян-Мар, Провидения, Нагаево (Магадан). Строятся первые порты промышленных предприятий - завода "Азовсталь" в Мариуполе, горно-обогатительного комбината в Камыш-Буруне. В крупнейших портах страны Одессе, Баку, Ленинграде, Поти входят в строй склады-холодильники.
В годы второй Мировой войны порты являлись объектом особого внимания противника, однако продолжали работать и в условиях ожесточенных бомбёжек и артобстрелов.
В послевоенный период наряду с восстановлением и реконструкцией разрушенных портов идет интенсивное строительство новых - Сочи, Находка, Ванино, а затем Южный, Ильичевск, Восточный, Новоталлинский.
С 1964 года начинает функционировать первая в нашей стране морская железнодорожная переправа Баку-Красноводск. В последующие два десятилетия строятся аналогичные переправы Ванино-Холмск (Татарский пролив), Варна-Ильичевск (Черное море), Клайпеда-Мукран (Балтийское море).
Интенсивному развитию портов способствует появление новых грузопотоков, производительной перегрузочной техники, прогрессивных транспортно-технологических систем.
С распадом СССР и суверенизацией бывших союзных республик Россия лишилась значительного числа своих портов.
В настоящее время планируется строительство крупных портов в Керченском проливе (порт Азово-Черноморский), в районе Новороссийска и Туапсе. Прорабатываются варианты создания супер-портов в Финском заливе (Усть-Луга) и в Калининградской области.