Перевозки водным транспортом осуществляется по изолированным путям и не образуют единой транспортной системы. Это отражается на уровне издержек пароходства и определяет разнообразие условий их работы.
Система грузовых тарифов речного транспорта определена в Прейскуранте №14-01 «Тарифы на перевозки грузов и буксировку плотов речным транспортом», который введен в действие с 1 января 1990 г. Тарифы на перевозку грузов речным транспортом подразделяются по пароходством, видам перевозок и родам грузов. В отдельную группу объединены тарифы на перевозку песка, гравийной смеси и других грузов. Повышенные тарифы установлены на перевозки по малым рекам.
Тарифы на перевозку грузов речным транспортом различаются по видам грузов и по видам отправок: судовые, контейнерные, сборные и мелкие. Основные тарифы установлены для судовых перевозок. Плата за перевозке в контейнерах определяется в расчете на контейнер в зависимости от его грузоподъемности без учета фактической загрузки. В отношении тарифов речного транспорта не применяется государственное регулирование цен, за исключением районов Крайнего Севера.
Пассажирские тарифы речного транспорта классифицированы по пароходствам, видам сообщения, дальности поездки, скорости движения, условиям проезда, сфере применения, принципу построения, внешнему виду.
По видам сообщения различают тарифы для дальних, пригородных, внутригородских линий и переправ. В зависимости от целей поездки тарифы подразделяются на транспортные, туристские и экскурсионные, по скорости сообщения – на тарифы для водоизмещающих и скоростных судов. На водоизмещающих судах тарифы дифференцируются по условиям комфортности пассажирских мест.
Тарифы на грузовые перевозки морским транспортом подразделяются по видам плавания на тарифы каботажного плавания между морскими портами страны и на тарифы на перевозку грузов между отечественными и иностранными портами. Тарифы каботажного плавания имеют двухставочную основу: ставка по движенческой операции за одну тонну-милю и ставка по стояночной операции в портах. Ставки по движенческим операциям дифференцированы по видам грузов и обеспечивают примерно равный доход за время движения судна вне зависимости от рода груза. Ставки по стояночным операциям дифференцируются по группам сухогрузов и группам портов в пределах одного бассейна, а также различаются по видам работ, что связано с неодинаковыми затратами времени на погрузку и разгрузку судна.
В соответствии с принципом построения тарифы разделяются на зонные и поясные. При разработке зонных тарифов ставки устанавливаются для всей зоны в целом, при разработке поясных – для половины расстояния пояса.
По внешнему виду тарифы бывают табличные и поясные. В табличных тарифах указываются пункты отправления и назначения, расстояние и стоимость проезда. В поясных тарифах приводится стоимость проезда для данного пояса дальности.