Деятельность Костанайского отделения дороги направлена на обеспечение эффективной организации процесса грузовых и пассажирских перевозок в территориальных границах обслуживания. Эксплуатационная длина железных дорог региона – 1452,3 км, в том числе электрифицированных – 360,1 км, оборудовано автоблокировкой – 820,8 км, диспетчерской централизацией – 717,7 км. Общая протяженность 2298,8 км (с учетом развернутой длины вторых путей двухпутных участков и вставок.
Железная дорога Костанайского отделения проходит по территории 4 областей Казахстана: 1033,6 км находится на территории Костанайской области (46 раздельных пунктов), 140,5 км находится на территории Актюбинской области, 237,2 км на территории Акмолинской области, 41 км на территории Северо-Казахстанской области
В состав Костанайского отделения дороги входит 61 раздельный пункт, из них 44 станции, 11 разъездов, 1 обгонный пункт, 5 раздельных пунктов, не имеющих путевого развития. По классности станции распределяются следующим образом:
Внеклассная – 1 (ст. Железорудная)
I класса – 3 (Есиль, Тобол, Костанай)
II класса – 4 (Аркалык, Кушмурун, Джетыгора, Майлин)
III класса – 3 (Арыстансор, Сарыколь, Арка)
IV класса – 10 (Державинская, Сурган, Ковыльная, Челгаши, Койбагор, Аманкарагай, Денисовка, Джаркуль, Тогузак, Щебзавод)
V класса – 35 раздельных пунктов
В диспетчерском аппарате отделения перевозок имеется 5 диспетчерских поездо-участков: Кушмурун – Есиль – Аркалык, узловой – Кушмурун (искл.) – Тобол (вкл.), Майлин – Айтекеби (искл.), Костанай - Тобол (искл.) - Джетыгара, Золотая Сопка (искл) – Костанай – Жана Есиль (искл.).
Участки Костанай – Тобол, Костанай - Сарыколь, Сарыколь – Жана-Есиль оборудованы устройствами диспетчерской централизации системы «Нева», участок Арка-Кызылсай оборудован устройствами микропроцессорной диспетчерской централизации «Неман».
В состав Костанайского региона входят 2 эксплуатационных локомотивных депо, 1 эксплуатационное вагонное депо, 4 дистанции пути, 1 дистанция электроснабжения, 2 дистанции сигнализации и связи, 3 восстановительных поезда, 1 пожарный поезд.
Костанайское эксплуатационное депо, в состав которого входит оборотное депо Тобол имеет в своем инвентарном парке 33 тепловоза и 1 электровоз. Локомотивные бригады обслуживают плечи: Костанай-Новоишимская, Костанай-Троицк, Костанай-Железорудная, Тобол-Джетыгора, Тобол-Арка
Есильское эксплуатационное локомотивное депо имеет в своем приписном парке 19,5 тепловоза. Локомотивные бригады обслуживают плечи: Есиль-Атбасар, Есиль-Аркалык, Есиль-Кушмурун, Кушмурун-Тобол-Железорудная
Осмотр и текущий ремонт вагонов на Костанайском отделении дороги обеспечивается в пунктах подготовки вагонов к перевозкам, пунктах технического осмотра Костанайского эксплуатационного вагонного депо. Депо объединяет 4 пункта подготовки вагонов, 8 пунктов технического осмотра и 22 контрольных поста, 3 пункта промывки вагонов.
Открыто пассажирское движение Астана - Актюбинск, Астана-Мангышлак, время хода пути по новой ветке 26-27 часов – 1241 км. Ранее время хода с транзитом по России было 35 часов – 1678 км.
В связи с вводом в эксплуатацию новой железнодорожной линии открылись выгодные перспективы по перевозке грузов назначением на станции западных областей Казахстана, стран СНГ, в том числе Азербайджан, Армению, Грузию далее на экспорт – Иран, Ирак. Особое значение это имеет для перевозки зерна, муки, которые составляют основную часть, перевозимого груза по данному направлению. С Западного региона идет поступление нефтеналивных грузов и руды.
Динамика возрастающего объема дороги на этом участке видна из следующих данных: если в начале эксплуатации линии обмен по стыку Айтекеби составлял 7 грузовых поездов в сутки, то в настоящее время эта цифра возросла почти вдвое и составляет 13 поездов в сутки. Пропускная способность участка 9 пар поездов.
Эти данные говорят о том, что необходимо разработать ряд мер по повышению пропускной способности на данном направлении, чтобы обеспечить перевозку стабильно растущего грузопотока на рассматриваемом участке.
На участке Тобол - Железорудная – Костанай по станции Железорудная производится стыковка электровозной и тепловозной тяги, в связи с чем постоянно возникают трудности в продвижении поездов. При движении грузовых поездов необходимо производить смену локомотивов через 50 км, движение пассажирских поездов на участке Тобол -Костанай производится тепловозами, хотя участок электрифицированный.